1978年4月，省、州、县三级文化部门在1957年的基础上，联合对海门口遗址进行了发掘，面积约300平方米，发掘出了226根桩柱，这两次发掘共出土了青铜器26件、石器350件，同时出土了大量的陶器，以夹沙黄褐陶为多，以及大量的动物遗骨、炭化稻、橡子和桃核等。
据闵锐介绍，比起第一次考察，1978年的考察有了更新的突破。然而，由于当时第二支考古队的领队生病，考古被迫停止，考古队领队回到昆明后突然去世，而此时大量的考古资料还没有来得及记录下来，便随着这位队长与世长辞。这些珍贵资料的丢失，成为海门口的一大遗憾。
地下3米 是个3500年前的村落 前两次对海门口的考古都没有形成任何综述性的文献，致使海门口遗址的价值一直没有受到重视。海门口遗址再次进入人们的视野，是由于今年以来省考古所第三次对海门口遗址进行考察时，在遗址发掘出了大量的松木木桩。
考古队雇佣的工人在洗陶瓷碎片
闵锐坦言，在第三次对海门口遗址进行考察之前，曾设想过会有木桩，但没有想到会有这么密集的木桩出现，这从侧面表明这个聚落非常庞大。这些木桩不仅保存完好，而且经人用自制的工具削尖，一根根笔直地插在土里。“从这些木桩的排列形状看，这些应该是干栏式建筑的遗址。”闵锐说。
松木木质疏松，放在普通环境下保存，几十年就腐烂了，而海门口遗址让它们保留了3000多年。这么大面积的木桩保存得如此完整，在世界上都是少见的。“我们开始发掘后，每天都没有停止过抽水，因为遗址几乎就是泡在水里的，木桩埋在地下，使它们处于一个相对稳定的环境，并得以保存下来。”闵锐说。
这些木桩直径在10-50厘米左右，有的根本没经过加工，而有的则经过了简单地打磨加工。一些木桩间还有粗细不一的横木，有卯榫结构、方形结构，有两孔对称、四空对称、孔底相通的榫孔。建筑专家、省城乡规划设计院副院长张晓洪认为，3500多年前的人类建盖房子，一是避开地下的潮湿之气，二是防止野兽攻击。如果一个地方层层叠叠建房屋，而且有约1000年的延续期，表明这个地方的生活环境适宜居住。
据闵锐介绍，目前挖掘出来的只是遗址的一部分，在海门口的西边和北边，也存在着聚落的遗址，范围约2万平方米。一个地方同时出现这么多建筑遗址，这个聚落当年究竟住了多少人呢？“很难从单独的建筑规模判断出具体人口，但可以肯定的是，这段时期应该是人口稳定增长的时期，因为从出土的炭化麦、炭化稻、坚果以及动物遗骨来看，他们已经拥有了固定的食物来源。”闵锐说。
目前，闵锐所带领的考古队正在海门口考察，而段晓定等当地村民也被雇佣为挖掘人员。“我在这块土地上耕种了几十年，挖出了不少木桩，没想到地下埋了一个村落，我一个不注意就挖到了3500多年前。”段晓定说。
挽救遗址 回填是最后的一招
随着第三次考古的深入，海门口遗址的价值逐渐得到体现，“海门口遗址在农业、建筑业等方面有很高的研究价值，考古的价值更不用说。”闵锐说。在农业方面，已经炭化的稻谷和麦子不仅证明了大理早在3500年前就掌握了先进的种植技术，而且也为水稻的起源问题提供了一定的证据；而从建筑的角度来看，那时的人们已经开始学会打桩，建造牢固的可抵御野兽的房屋。
在获得大量资料的同时，闵锐也感到了遗憾，“这里的泥土无法筛细，我们不具备相关的技术，很多信息将随着这些泥土而流失。”
而更让闵锐担忧的是遗址的保护问题，进入6月以后将迎来雨季，目前海门口遗址已经挖开，深度达到3米，两边泥土疏松，很容易塌方。而一旦发生塌方，现在已挖开的遗址将被压垮，大量的木桩会被压垮。
除了塌方，每年的6月以后都是海尾河的汛期，届时河水水位将急剧上升，整个海门口遗址将被淹没，而已经出土的木桩将被冲走。
“如果到时候还没有具体的保护措施，我们将选择把遗址回填。”闵锐说。
然而回填遗址也并非万全之策，遗址回填，将不可避免地破坏遗址本身的原貌，以后再打开时，许多信息将再次流失。
“除了填埋，保护遗址还是有其他方法的，比如说给这些木桩脱水，但这样投入的资金太大。”闵锐说。
大理州人大常委会副主任杨晏君在4月26日考察海门口遗址后表示，希望有关部门在雨季到来之前组织国内专家赶赴剑川，及时对海门口的价值作出更权威的判断，并作出遗址保护方案，避免海门口遗址遭到破坏。
他们的家园当年就毁于洪水
海门口遗址目前的发掘深度已经到了地下3米左右。当考古队挖开标号为D区1802的探方时，赫然出现了一具人骨。这具人骨被一根直径约30厘米的木桩紧压其下，从下颌骨、牙齿、股骨间穿过。闵锐推断，这具人骨生活的年代为3000年前。
关于这具人骨的很多疑团还没有揭开，但是通过这个地底村庄，我们已经可以勾勒出一幅当时他们的生活场景图：
3500年前，一支民族迁移到海门口，在海尾河边上定居，建盖房屋。慢慢地，他们学会了种植稻谷麦子，开始驯养牲畜。白天，女人下地劳作，而男人则上山打猎。他们逐渐丢弃了用石头打磨的粗制工具，开始使用更坚硬的铜器，并制作出器皿。
他们一代一代繁衍着，将猎物和家禽的骨头丢在房屋背后，收割时将麦子和稻谷撒落在田里。他们偶尔争斗，或许是与另外一个村落，或许与同村的邻里械斗，结果其中一人不幸身亡。
某一天，其中一户村民家突然发生火灾，村民们大叫着，纷纷从不远处的海尾河里取水灭火。随着年代的久远，房屋一间间倒塌，一根根崭新的木桩被打进地下，一栋栋房屋重新盖起来。历经千年之后，数千根木桩被埋在了泥土里，并保存到了现在。
如今，这批曾经生活在海门口的先民早已不知所踪，只留下他们曾经住过的房屋遗迹，用过的石器、铜器，耕种的稻谷麦子。那么，究竟是什么原因导致他们迁移呢？
据闵锐推测，3500多年前的海尾河应该比现在更靠往东边。按照古人逐水而居的现象，这批先民最先的居住地也应该更靠近东边。随着海尾河逐渐西移，这批先民的居住地也随之往西，而原先的居住地则被海尾河淹没，于是1957年疏通海尾河时，人们才从河底挖出了许多木桩和铜器。
闵锐推断，大约2500年前，一次历时很久的湖水泛滥，淹没了剑川海门口先民的家园，冲走了房屋，延续近千年的栖息地就这样永远失去了。剑川县在1980年发掘附近熬峰山一墓葬遗址时，发现其时间为距今2500-2200年，闵锐认为，这正好是海门口居民迁出的时间。而关于迁入地，有关专家推测为，一是迁至大理洱海地区，二是迁至沙溪居住。
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南北文化早已在这交流
海门口遗址第三次考古挖掘工作日前取得新进展，由云南省文物考古研究所组织的考古队首次发现了接近３０００年前的炭化麦，这一发现为早期南北文化的交流提供了有力证明。
据云南省文物考古研究所副研究员、考古队队长闵锐介绍，这是云南首次发现的炭化麦。由于炭化麦出土于海门口遗址第六土层，因此基本可以确定其已有接近３０００年的历史。连同此前发现的大批炭化粟和北方常见的耕作工具木耒证明，早在当地铜器时代早期，海门口文化已经开始同西北或中原等北方文化展开交流。
